Bashkësia Islame në Maqedoni dhe autoritetet e rendit thonë se në vend janë të pranishme grupe radikale islamike, por se ato nuk paraqesin ndonjë rrezik për momentin. Kryetari i Bashkësisë Islame, Sulejman Rexhepi i cili grupet e tilla i cilëson si lëvizje politike-selefiste apo vehabiste, thotë se ato nuk gjejnë përkrahje tek besimtarët muslimanë në Maqedoni. Aktualisht të gjitha xhamitë në Maqedoni janë nën kontrollin e Bashkësisë Islame.
